Die Mega-Pokemon entwickeln sich zurück in das Ausgangs-Pokemon, ist aber weiterhin in deiner Pokemon-Aufbewahrung.
Du solltest dich grundsätzlich mal mit Mega-Pokemon in den original Spielen (Pokemon X und Y) beschäftigen. Mega-Pokemon können in den Spielen nur im Trainer-Kampf entwickelt werden und entwickeln sich dort direkt nach dem Kampf-Ende zurück. Insofern musste das von Niantic irgendwie ins Spiel gebracht werden. Niantic wollte es halt nicht zu leicht machen, ununterbrochen Mega-Pokemon zu haben und deshalb hat man Mega-Energie eingeführt. Finde auch nicht gut, dass die Haupt-Bezugsquelle für die ersten 100 oder 200 Mega-Energie (bei legendären Pokemon vermute ich, wird es später noch mehr sein), im Moment Raids sind. Allerdings verringern sich die Kosten für die weiteren Entwicklungen auf 20% des Original-Werts, also wenn es wie bei Bibor 100 Energie für die Erstentwicklung sind, werden es dann für jede weitere Entwicklung 20 Energie. Zudem kann man, sofern man einmal eine Mega-Entwicklung durchgeführt hat, für mit dieser Pokemon-Familie weitere Mega-Energie erlaufen. Also kannst du nun mit Altaria oder Wablu spazieren gehen und bekommst dann entsprechend neue Energie. Das geht aber wie geschrieben nur dann, wenn du die Mega-Entwicklung der Pokemon-Familie einmal durchgeführt hast.
Und nochmal, Niantic kann zwar was für die Umsetzung der Mega-Entwicklung, aber dass diese temporär sein würde, liegt nicht an Niantic, sondern an der normalen Spiele-Reihe, in der die Mega-Entwicklungen erstmals eingeführt wurden.